Rainer Schöttl war schon von den Anfängen des ITMR an mit Aufgaben betraut, hauptsächlich in Form von Hilfe bei Kursvorbereitungen und bei der Erstellung von visuellen Hilfsmitteln für die Vorträge des Vaters. In dieser Eigenschaft begegnete er schon früh bekannten Persönlichkeiten der Gnathologie aus den USA, wenn sie den Vater in Erlangen besuchten.
Jedoch entwickelte er seine eigene Meinung in Bezug auf die am eigenen Körper wiederholt erfahrenen Bissumstellungen. Denn jedes Mal, wenn ein neues Inlay eingegliedert werden sollte, wurde vorher der Biss vom Vater akribisch eingeschliffen und fühlte sich dann einige Zeit lang fremd an, so sehr der Vater auch auf der „Richtigkeit“ dieses Vorgehens beharrte.
Noch vor dem Abschluss seiner Zahntechnikerlehre im väterlichen Betrieb erhielt er, auch auf Betreiben des befreundeten Prof. Lundeen, einen Studienplatz an der University of Florida in den USA, wo auch Lundeen selbst die Abteilung für festsitzende Prothetik leitete. Jedoch mussten zuerst die Collegejahre absolviert werden und während dieser Zeit fand Rainer Schöttl eine Teilzeitanstellung bei Prof. Gibbs, wieder zur Erstellung von visuellem Lehrmaterial. Diesmal ging es allerdings um Filmaufzeichnungen an der "Kaumaschine", denn Prof. Gibbs leitete die größte Studie zur menschlichen Kaubewegung, die es jemals gegeben hat. Nach seinem Studium sollten sich die Filmrollen, die in Rainer Schöttls Besitz verblieben, noch als extrem aufschlussreich beim Verständnis der tatsächlichen Kieferbewegungen erweisen!
Jedoch musste zuvor noch die "Graduate" Ausbildung in der Zahnheilkunde absolviert werden, auf Anraten seines Mentors Lundeen an der gnathologisch ausgerichteten Dental School der Emory University in Atlanta. Dort lernte Rainer Schöttl auch einen Professor kennen, der sich mit myozentrischen Techniken beschäftigte und arbeitete später teilzeitlich in der Praxis eines myozentrisch tätigen Zahnarztes in Atlanta mit. Vor Abschluss seines Studiums lernte er schließlich auch Robert Jankelson, den Sohn des Urhebers Bernard Jankelson, bei einem Vortrag in Atlanta kennen, woraus sich eine persönliche Freundschaft entwickelte, welche die kommenden Jahrzehnte überdauern sollte.
1985 aus den USA zurück in Erlangen, überzeugte er den Vater, der Myozentrik noch einmal neues Augenmerk zu schenken und schließlich fuhren Vater und Sohn gemeinsam nach Seattle und wurden dort vom Urheber selbst in die entsprechenden Techniken eingeführt. Für Walter Schöttl ergaben sich in den Muskelentspannungstherapien und elektromyographischen Messungen erstmalig Antworten auf eigene Probleme, wie Bruxismus, Nackenverspannungen, sich wiederholt lösende Onlays, etc. Und so hielt die Myozentrik Einzug auch in seiner zahnärztlichen Praxis, wenn auch anfänglich noch etwas argwöhnisch beäugt und stets von kondylären Vergleichsmessungen mit den gewohnten Handbissnahmen begleitet.
1990 vom Vater mit der Leitung des ITMR betraut, lotete Rainer Schöttl über die folgenden Jahre die Bedeutung der neuromuskulären Funktionslehre auf alle Bereiche der Funktionstherapie und Prothetik aus, von der Funktionsdiagnostik bis zur Okklusalgestaltung, und es entstand ein regulärer Lehrplan mit dem Namen "Die Cranio-Mandibuläre Orthopädie". Dazu gehörte auch eine andere Technik der Modelleinstellung in den Artikulator, welche die neuromuskulär wichtigen Parameter auch konsequent umsetzt. 2001 erhielt Rainer Schöttl das Patent Nr. 100 07 368.9 auf einen neuen Gesichtsbogen, der heute unter dem Markennamen "HeadLines" bekannt ist. 2008 folgte das Patent Nr. 10 2007 020 675.7 auf eine „Vorrichtung zur kauebenenbezogenen Diagnostik“, sowie das Patent Nr. 199 45 607.0 „Vorrichtung für einen zahnärztlichen Artikulator, die man seither unter dem Markennamen "HIP-Mount" kennt.
Eigene Studien und die in seinen Kursen gewonnenen Erfahrungen mündeten schließlich 2013 in der Entwicklung eines neuen Artikulators in Zusammenarbeit mit der Firma Baumann Dental, auf den er 2014 das Patent Nr. 10 2014 001 555.6 erhielt. Dieses Gerät, heute bekannt als „PLA“ oder „Physio-Logic Artikulator" bricht mit den Konventionen, indem es nicht mehr Bezug auf eine postulierte Scharnierachse der Kiefergelenke nimmt, zu deren Bestimmung der Zahnarzt dem Patienten seinen Unterkiefer verschieben und von außen manipulieren muss. Sein jüngstes Patent mit der Nummer 10 2015 206 490.5 erhielt er im Jahr 2016 für einen „Mundeinatz“, der heute unter der Marke „FreeBite“ bekannt geworden ist. Dieses Bisskissen weist neue Eigenschaften auf, die es für die Lösung von Kompressionen in den Kiefergelenken und von Muskelverspannungen besonders effektiv machen.
Jedoch wurde natürlich nicht für jede Neuentwicklung gleich ein Patent beantragt. Rainer Schöttl hatte 15 Jahre lang unter immer wiederkehrenden Ischiasbeschwerden gelitten, welche ihn gelegentlich annähernd immobilisiert hatten. Zahllose Ärzte und Therapeuten im In- und Ausland hatten daran nichts ändern können, bis er 1991 den Manualtherapeuten Paul St. John kennenlernte und für das Jahr darauf zu einem Workshop zum ITMR-Symposium nach Deutschland einlud. St. John war der erste Therapeut, dem er begegnet war, der das Problem bereits am Haltungsmuster erkennen konnte. Nach einer 45-minütigen Therapie, die an ganz anderen Stellen ansetzte, als die vorherigen, war das Haltungsmuster von Rainer Schöttl verändert und die Ischiasbeschwerden kehrten nie mehr wieder. Von dieser „Neuromuskulären Therapie“ war er so begeistert, dass er in den nächsten beiden Jahren annähernd 20 Stunden an Videos ins Deutsche übersetzte, in denen St. John seine Therapie in Kursen aufgeteilt von Grund auf erklärte. Nachdem er einige Jahre lang gemeinsame Seminare mit St. John abgehalten hatte, führte seine Schwester die Arbeit in ihrem Institut für Neuromuskuläre Therapie eigenständig weiter. Auf dieser Zeit beruht Rainer Schöttls Verständnis für die Körperhaltung als antigravitative Funktion, die er in seiner Photometrie erfassbar, messbar und dokumentierbar machte.
Die Wiedervereinigung führte dazu, dass Rainer Schöttl die Myozentrik auch nach Ostdeutschland tragen wollte. Jedoch waren dort Investitionen in Gerätschaften, wie das K7 System der Firma Myotronics, zunächst illusorisch und selbst das originale TENS-Gerät „Myomonitor“ von Jankelson stellte aufgrund seines hohen Preises eine gar zu hohe Hürde dar. Da er zwar die Praxis und das Fortbildungsinstitut vom Vater übernommen hatte, jedoch nicht dessen Vertriebsfirma, war er frei, zusammen mit zwei deutschen Herstellern alternative Geräte mit den speziellen niederfrequenten Stimulationsparametern, welche sich für die Lösung chronischer Muskelverspannungen im Myomonitor bewährt hatten, zu entwickeln. Die im Hintergrund der Myozentrik stehende neuromuskuläre Funktionslehre war ihm viel zu wichtig, um sie lediglich als Verkaufsargument für Gerätschaften auszuschlachten, und nach seiner Auffassung bestand Myozentrik nicht aus dem Kauf eines K7 Systems, sondern vor allem aus einem Umdenkprozess, nach dessen Vollzug sich der Sinn dieser Geräte auf einer ganz anderen Ebene erschließt. Wenig überraschend brachte ihm das allerdings Verstimmungen mit der Firma Myotronics ein.
Jedoch wurde er von Robert Jankelson unverändert verstanden und unterstützt, der ihn Anfang des neuen Jahrtausends wiederholt als Seminarleiter zum Thema „Advanced K7 Scan Interpretation“ an das Las Vegas Institute holte und ihn auch als Festredner zum 50. Jahrestag der Myozentrik nach Seattle einlud.
Unter der Regie von Rainer Schöttl erfolgte 1990 die Gründung der deutschen Sektion des International College of Cranio-Mandibular Orthopedics, deren Gründungsmitglieder sich praktisch durchgehend aus seinen ehemaligen Kursteilnehmern zusammensetzten. Seither dient er dieser gemeinnützigen Vereinigung ehrenamtlich als Präsident. Sein Engagement für die neuromuskuläre Funktionstherapie wurde auch international gewürdigt, als er von 2013 bis 2015 zum internationalen Präsidenten des ICCMO gewählt wurde.